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代谢组学与基因组学相结合以改善患者诊断

病人和家人走进医生的办公室。他们希望最新的测试能够揭示出导致患者疾病的原因,并结束他们已经经历多年的诊断性旅程。进行准确的诊断还意味着可能存在至少可以减轻患者病情的治疗方法。

在贝勒医学院,萨拉·艾尔西(Sarah Elsea)博士和她的同事们一直在努力提高他们识别未诊断病因的遗传原因的能力。他们的研究发表在《遗传学医学》杂志上。

贝勒大学分子与人类遗传学教授,《神经科学》杂志的作者,作者艾尔西说:“转介给我们的患者中,每10名患者中约有9名患有神经系统疾病,例如发育迟缓和智力残疾,但他们没有得到诊断。”工作。

为了确定未诊断疾病的遗传原因,研究人员在患者基因组中寻找潜在的缺陷基因。他们使用全外显子测序,该测序分析了所有编码蛋白质的基因。一个基因可能有许多变异体,它们编码相同蛋白质的稍有不同的版本,但仍能正常发挥其功能。但是某些变体可能编码可能导致疾病的缺陷蛋白。具有挑战性的部分是确定在患者中发现的特定基因的变异是否正在引起疾病。

“在某些情况下,该变体缺失了基因的全部或大部分,导致了一种无功能的蛋白质。这表明该变体与疾病有关。但是,大多数遗传变体都涉及单个构件的变化。一个“拼写错误”的基因序列可能会导致蛋白质缺陷或功能缺陷,也可能不会导致蛋白质缺陷,我们需要其他机制(例如非靶向代谢组学)来确定这种遗传变化是否会导致疾病。”是Baylor Genetics生物化学遗传学的高级主管。

输入非靶向代谢组学

Elsea和她的同事使用非靶向的代谢组学提供了更多信息,以帮助他们确定在患者体内发现的遗传变异是否真正导致了疾病。

Elsea说:“非靶向代谢组学使我们可以观察患者中基因变异体编码的蛋白质的功能,以探索可能与该变异体相关的代谢异常。”

在当前的研究中,研究人员整合了全外显子组测序和靶向代谢组学,以分析170例患者的数据。他们很高兴地发现,代谢组学数据为44%的病例提供了信息。

埃尔西说:“通过分析,我们将9种变体归为良性,15种变体可能引起疾病,将3种归为致病性。代谢组学数据证实了21例临床诊断。”“我们的分析不仅对确认变异导致疾病的原因非常有用,而且可以排除变异导致疾病的原因。更准确的诊断可能有助于确定疾病的更好治疗方法,并为疾病提供重要信息。家庭复发风险。”

此分析还有助于诊断可能患有轻度疾病的患者,因为该分析广泛且非常敏感,并显示了该变异体在整个代谢途径中的作用。

“我们已经能够鉴定出一些疾病较轻的病例。在进行综合分析之前,我们还没有诊断出患有该病的病例,但是现在我们可以了,因为代谢组学揭示了代谢异常,可以将其与患者的基因变异联系起来”,艾尔西说。“这种方法极大地改善了诊断,也增加了我们对这些疾病以及我们可能会在患者中看到的临床表现范围的了解。”

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