自上世纪80年代以来，曾经是帝企鹅殖民地的企鹅数量减少了85%甚至更多，这一下降幅度可能大到足以使整个物种数量减少三分之一。

在其鼎盛时期，位于南印度洋的一个名为Ile aux Cochons的岛屿被列为最大的帝企鹅殖民地。法国国家研究服务中心(CNRS)法国拉罗谢尔大学的海鸟专家Henri Weimerskirch表示，卫星数据显示，上世纪80年代，海鸟的数量在50万只左右达到峰值，总数达到200万只。然而，Weimerskirch和他的同事在8月份的《南极科学》杂志上报道，2015年的一项卫星分析和2016年的一项直升机调查显示，该岛仅发现了77000对和51000对繁殖配对。

国际自然保护联盟(International Union for Conservation of Nature)将帝企鹅列为最不担心灭绝风险的物种。Weimerskirch表示，这种情况可能会改变，“因为该物种已经失去了近三分之一的种群。”

巴塔哥尼企鹅是仅次于帝王企鹅的第二高的企鹅，每平方米大约能挤进2只左右的繁殖空间。Weimerskirch说，许多鸟类的全景图曾经是“令人叹为观止”的，在地形的底层山脊上，形成了企鹅海洋中的波浪错觉。

威默斯科奇说，其他四个帝企鹅群落的种群轨迹也不尽相同，在1997年的恶劣天气下，它们的种群数量不断减少，但正在恢复和稳定。他说:“‘桃乐丝’上的任何问题都可能是它特有的。”可能的原因包括密度效应，阻止了从气候危机、侵袭性猫、疾病或寄生虫的恢复。但威默斯科奇说，自1982年以来，研究人员一直没有亲自调查过企鹅的数量，他们需要去了解企鹅数量骤降的奥秘。